Berkenaan dengan asal-usul rapa'i, pada awalnya diambil dari nama belakang salah seorang ahli tasauf (ilmu tentang ajaran-ajaran Islam) Ahmad Rifa'i yaitu orang yang di yakini sebagai pencipta alat musik.
Pada awal nya, oleh Ahmad Rifa'i gendang rapa'i ini diberi nama dufun, kemudian oleh Syeikh Abdul Kadir Djailani sebagai orang pertama yang memperkenalkan gendang dufun pada masyarakat Aceh ini memberinya nama rapa'i sebagai upaya untuk mengenang penciptanya yaitu Ahmad Rifa'i.
Istilah Pasee adalah sebutan terhadap daerah Pasai, salah satu desa di Kecamatan Bayu Kabupaten Aceh Utara yang diberikan oleh masyarakat Desa Awe, yaitu tempat di mana gendang ini pertama sekali diperkenalkan.
Pada saat sekarang ini gendang dufun lebih dikenal sebagai Rapa'i Pasee.